目前认为，睑板腺萎缩主要是由于局部因素、环境因素、饮食因素、年龄因素及全身因素等原因造成的。
1、局部因素：包括长期佩戴角膜接触镜、眼部蠕形螨感染、结膜炎、睑板腺囊肿以及具有眼部表现的玫瑰痤疮等，都可能引起睑板腺功能障碍，随病情进展，可发生睑板腺萎缩、缺失。
2、环境、饮食因素：包括长时间使用电脑、注视手机屏幕、高糖饮食、高油饮食等，都可能导致油脂堵塞在睑板腺，使睑板腺迂曲、扩张，最终导致睑板腺萎缩。
3、年龄因素：目前发现，年龄与睑板腺萎缩关系密切，随着机体的衰老，睑板腺也会和其他皮脂腺一样，出现腺体细胞增生减少，从而导致睑板腺萎缩。
4、全身因素：包括雄激素缺乏、糖尿病、干燥综合征、过敏、银屑病、Steven-Johnson综合征等，也可能影响睑板腺功能，导致睑板腺萎缩的发生。