扁平疣留下的色素印，一般需要通过激光治疗去掉。激光治疗的原理是，利用激光瞬间爆发的巨大能量作用于色素印，将色素粉碎分解，然后被巨噬细胞吞噬，并随淋巴循环排出体外，从而达到去除色素印的目的。需注意，有瘢痕体质、出血性疾病、免疫功能低下等情况的患者，或者未有效控制血糖的糖尿病患者，应该避免选择此种方式去除色素印。
需要提醒的是，扁平疣在治疗后留下色素印，通常是由于患者未做好防晒，致使伤口处长时间遭受紫外线照射，导致色素沉着所造成的。因此，扁平疣患者在治疗后应该注意防晒，最好采取硬防晒的方法，比如打遮阳伞、戴遮阳帽、穿防晒衣等，以尽可能地避免留下色素印。另外，患者还要注意避免强行使伤口的痂皮脱落，以免遗留瘢痕。