抗真菌口服药物的副作用，主要包括胃肠道不良反应、过敏、肝功能损害等。
1、胃肠道不良反应：部分患者在口服抗真菌药物后，可能会出现食欲减退、恶心、呕吐等不适症状。
2、过敏：部分患者可能对口服的抗真菌药物过敏，在服药后，其皮肤上可能会出现皮疹，并伴有瘙痒难忍等症状。
3、肝功能损害：事实上，通过相关的抗真菌药安全性的荟萃分析显示，在口服抗真菌药物时，患者肝脏的安全性可以有保障。但是，如果患者在口服抗真菌药物的同时，还服用了其他需经过肝脏代谢的药物，则可能会发生药物的相互作用，从而造成肝功能损害。
临床上，抗真菌口服药物主要有伊曲康唑、两性霉素B、特比萘芬等，医生在给予患者以上药物前，通常会为患者进行药敏试验，并检查患者的肝功能、肾功能等指标，以免出现药物的副作用。