萎缩性胃窦炎是慢性胃炎诸多类别中的一种，其药物治疗与其他慢性胃炎基本相同。但由于其存在的癌变风险会令患者感到焦虑和恐惧，严重影响其生活质量，因此，药物治疗应以缓解症状、改善胃黏膜、延缓或阻滞病变进展、降低癌变风险为目的。
1、根除幽门螺杆菌药物：幽门螺杆菌是慢性胃炎主要病因，因此根除幽门螺杆菌对治疗慢性胃炎至关重要。萎缩性胃窦炎患者可采用四联疗法，即1种质子泵抑制剂（如奥美拉唑等）+2种抗生素（如克拉霉素、甲硝唑等）+1种铋剂（如枸橼酸铋钾等）。不过，即使根除了幽门螺杆菌，也不能逆转胃黏膜萎缩，只能预防其进一步加重。
2、抗酸药物：对于萎缩性胃窦炎患者可能出现的胃灼热、反酸及饥饿时上腹痛等症状，应根据症状的严重程度，选用抗酸药（如碳酸钙、氢氧化镁等）、H2受体拮抗剂（如西咪替丁、雷尼替丁等）或质子泵抑制剂，以缓解症状并保护胃黏膜。
3、减少胆汁反流的药物：多潘立酮、莫沙必利等胃肠动力药，可以消除或减少胆汁反流。
4、增强胃黏膜防御的药物：伴有胃黏膜糜烂或症状明显的患者，可以使用胶体铋、铝碳酸镁制剂或硫糖铝等药物增强胃黏膜的防御功能。
5、抗焦虑及抗抑郁药物：睡眠差且伴有明显精神因素的萎缩性胃窦炎患者，可在精神科医师会诊后，依据专科医师意见应用抗抑郁药或抗焦虑药，如多塞平、阿米替林等。
除药物治疗外，定期复查电子胃镜及黏膜病理检查也是非常关键的。若出现药物不能逆转的局灶高级别上皮内瘤变，患者应考虑进行胃镜下黏膜下剥离术，并视病情定期随访。
同时，改善生活及饮食习惯也是患者需要注意的重要方面，包括：提倡分餐制，注意饮食多样化；不吃霉变食物；少吃熏制、腌制、富含硝酸盐及亚硝酸盐的食物，多吃新鲜食品；避免过于粗糙、浓烈或辛辣的食物；避免长期大量饮酒、吸烟；保持良好心理状态及充足睡眠等。
