益生菌是不建议长期服用的，至于长期服用益生菌是否会产生依赖性方面，目前尚无权威研究表明人体会对益生菌产生依赖性。
益生菌是指当适量摄取时可赋予宿主健康益处的活的微生物，其大多源于人、动物胃肠道/粪便的正常菌群，主要包括芽孢杆菌、乳酸菌、乳杆菌、双歧杆菌、链球菌、酵母菌和曲霉菌等细菌。随着对益生菌研究的不断深入，大多数学者认为长期使用益生菌可能对机体健康产生潜在的不利影响，主要包括以下方面：
1、益生菌在抗生素的长期作用下将会产生耐药性，而发生突变的耐药基因可从益生菌水平转移到其他肠道菌群或条件致病菌，从而增加患消化道疾病的风险。
2、对于消化性溃疡患者而言，长期使用益生菌可导致包括益生菌在内的所有细菌由溃疡处进入血液，甚至可能产生菌血症。
3、平时使用的益生菌制剂，是含有各种添加剂、防腐剂的，长期使用也会对健康产生不利影响。