导致软腭裂的原因，同唇腭裂的原因一样有很多种。但主要因素有两方面，一是遗传因素，二是环境因素。
一、遗传因素。约占软腭裂原因的25%，包括染色体的异常，以及基因突变。
二、环境因素。约占软腭裂原因的10%，包括物理环境因素和化学环境因素。
- 1、物理环境因素：比如羊水过少，其可使小下颌和舌体的下降不足，引起了腭突上抬的困难，进而导致腭裂。对于单纯的软腭裂来说，物理环境因素占到相当大的比例。
- 2、化学环境因素：主要是母体的一些服药史，比如服用治疗顽固性痤疮的维甲酸、抗惊厥药物的苯巴比妥，以及叶酸拮抗剂卡马西平等；母体基础疾病，比如妊娠糖尿病、流感以及疱疹病毒感染等；母体行为因素，比如吸烟、酗酒、肥胖、压力过大等；生活环境因素，比如饮用水的消毒物、职业暴露、染料、农药等有毒因素，都可能造成疾病的发生。
需要注意的是，环境因素和遗传因素，相互叠加产生作用，也是腭裂形成的一个重要原因。
