目前认为先天性软腭裂手术，在婴儿6个月～12个月时进行比较合适。

软腭裂手术的主要目的之一，是为了恢复患儿的语音功能，因此，手术时间应尽量选在语音发育之前。而6个月～12个月时做手术，可以使婴儿在开始说话之前，能有3个月～6个月的时间，恢复其软腭的运动能力，以帮助获得正常的语音功能。

但应注意，手术时间并非固定不变，应根据婴儿的全身情况，以及软腭裂的局部条件来进行决定。如果是伴发先天性心脏病、严重营养不良的患儿，或者是存在食物反流、喉骨软化等的腭裂综合征患儿，手术时间就应适当的延后；部分软腭裂婴儿虽然仅仅是单纯的软腭裂，但由于频繁出现中耳炎的症状，则其手术时间需要适当提前。