绝大多数肠穿孔需要手术治疗。极少数特殊病例可以考虑保守治疗，例如部分患者是在空腹的时候发生的十二指肠小穿孔，肠道损伤非常局限，或者是患者年龄很大难以耐受手术，或者存在手术禁忌，这些情况可能可以进行适当的保守治疗。除了这些特殊情况，绝大多数的肠穿孔，一经诊断，应及时手术干预。
因为肠道的完整性发生了破坏后，肠腔中的内容物、消化液、细菌等等，溢出到腹腔后会形成腹膜炎。而腹膜炎如果不能及时控制，可能会发生败血症、感染性休克，进而危及生命。所以一旦确诊肠穿孔，应及时手术干预。通过腹腔镜探查或开腹探查的手术方式，找到穿孔部位，在必要的情况下做肠道切除。如果切除后剩余的肠段不能及时吻合，可以通过远端封闭+近端造瘘或肠造口的手术。另外，腹腔内要用大量的温生理盐水冲洗，然后放置引流管引流。通过这样的手术干预，来挽救患者的生命。