局部生殖系统症状为男性衣原体感染最常见的症状，如尿频、尿急、尿痛、尿道分泌物等。部分患者甚至可出现尿道刺痒感，进而造成一定的心理障碍，影响排尿等正常行为。此外，男性衣原体感染属于性传播疾病的一种，可通过性接触传染给性伴侣，故男性衣原体感染也会对性生活产生一定的影响。部分衣原体感染患者可能还会合并其它多器官系统的症状，如发热等。

故衣原体感染的患者应在医生的指导下进行有效的管理，保持良好的局部卫生、清淡饮食、多饮水等，必要时可使用有效的抗生素进行治疗。以使病原菌尽早被消除，提高生活质量。