肠镜检查的部位是大肠。大肠包括盲肠、升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠、直肠、肛管，以上肠管都能通过肠镜进行检查。在进行肠镜检查的过程中，肠镜可以通过回盲瓣开口，进入小肠，观察回肠末端很短的一段肠管，但是无法检查整个小肠。临床上，如果怀疑小肠发生了病变，一般可以通过胶囊内镜检查，观察小肠情况。