儿童甲减通常不能自愈。

1、新生儿筛查时，足筛诊断出的部分甲状腺功能减退，可能是早产等原因导致出生以后不适应外界环境暂时性出现的。其经过一段时间的治疗后，能够达到正常的生长发育，可尝试性停药甚至终身停药。

2、宫内发育时出现甲状腺异位、甲状腺缺如，或桥本氏甲状腺炎等由于自身免疫使甲状腺的功能受到永久性破坏导致的甲减，则需终身替代治疗。