一般来说，非淋菌性尿道炎的治疗持续一到两周，且在治疗后需遵医嘱进行复查。经过彻底、正规且全面的治疗后，大部分患者是可以治愈的。若非淋菌性尿道炎没有彻底治疗，两个月以后可能会发展为慢性尿道炎，同时可侵犯前列腺。慢性尿道炎治疗较为困难，反复发作可引起尿道狭窄，对患者造成较大的危害。