复杂性肛瘘的治疗方法，大多数以外科手术治疗为主，保守治疗为辅。
1、保守治疗。通过口服或静脉滴注抗生素，达到控制感染的目的；也可以通过温热水或者1∶3000（或者5000）浓度的高锰酸钾溶液坐浴，每日两次，每次5到10分钟，可减轻局部炎症和促进创口的愈合。但是，保守治疗是不能将复杂性肛瘘彻底治愈的，患者最终还需要进行手术的治疗。
2、手术治疗。复杂性肛瘘的手术方案是由肛瘘的临床类型来决定的。如果是低位性肛瘘，不管是两个瘘管还是两个外口，都可以通过切除或者切开肛瘘的方法，形成一个新鲜的创面，配合局部坐浴来达到治疗目的。但是，大多数的患者，属于高位、难治性的复杂性肛瘘，病情反复发作，迁延不愈，外科手术治疗方案复杂，需要到专门的肛肠外科，进行分期手术治疗。常见的手术方式包括肛瘘根治术、挂线疗法等。此外，还有一些正在临床试用中的治疗方案，例如生物胶治疗、内口放补片等。
总之，复杂性肛瘘的外科手术治疗方案也相对比较复杂，一定要到专业的肛肠医院或者肛肠科进行。同时，还需要配合局部和全身的保守治疗，以达到最终的治愈目的。