复杂性肛瘘不能不做手术。一般来说，复杂性肛瘘通过保守治疗只能控制局部症状，而只有通过手术治疗，才能达到最终治愈的目的。
复杂性肛瘘的病情错综复杂，同时存在有多个瘘管和瘘口，虽然可以通过抗生素控制细菌感染，或者通过高锰酸钾溶液坐浴或者局部消毒、清创、引流等，可以减轻局部炎症反应，但是这些都不能从根本上达到治愈的目的。因此，复杂性肛瘘一旦诊断，应该采取综合的治疗方案，首先要控制好基础病，然后通过抗生素和肛周坐浴的治疗，减轻局部水肿和炎症反应，最后通过手术的方法达到治愈目的。
复杂性肛瘘手术也存在一定的风险，特别是一些高龄患者，或者患有一些严重的基础性疾病，例如处于克罗恩病、红斑狼疮的急性发作期等，这些患者不能轻易采取手术治疗，可以先采取保守治疗，等到病情稳定后再进行手术治疗。
