不同类型儿童甲状腺炎的治疗可能会有所区别。
1、桥本氏甲状腺炎
桥本氏甲状腺炎是最常见的儿童甲状腺炎。
（1）部分患儿可能会进入甲亢期。由于自身免疫性抗体破坏了甲状腺组织，导致甲状腺的滤泡结构出现了破坏，使大量的甲状腺激素从滤泡中被释放出来，从而发生一过性的甲状腺功能亢进现象。此时可能需要应用治疗甲亢的药物来改善。
（2）由于自身免疫性的抗体不断破坏甲状腺组织，可使桥本氏甲状腺炎进入甲状腺功能减退期（部分病例可能没有明显的甲亢期，直接进入甲减期）。此时，甲状腺滤泡结构受到的破坏是永久性的，通常需要使用甲状腺激素进行终身替代治疗。
2、亚急性甲状腺炎
虽然亚急性甲状腺炎也是由于自身免疫所引起的一过性甲状腺的功能异常，但可通过短暂应用激素来缓解患者自身免疫的情况。
