口腔黏膜病的病因具有多样性和复杂性。目前，只有少数的口腔黏膜病可以找到明确病因，大多数的口腔黏膜病的病因尚不清楚。不同类型口腔黏膜病，发病原因也有差异。
一、对于主要发生在口腔黏膜的疾病，根据病因又可分为感染性疾病、非感染性疾病以及过敏性疾病三大类。
- 1、感染性疾病：感染性疾病是指由于病毒或者真菌的感染导致，例如疱疹性口炎、念珠菌性口炎等。
- 2、非感染性疾病：非感染性疾病是指由于外伤或者其它因素导致，例如复发性口腔溃疡、创伤性溃疡等。
- 3、过敏性疾病：过敏性疾病是指由于过敏的因素导致，例如血管神经性水肿、过敏性口炎等。
二、对于可以同时发生在口腔黏膜和皮肤的口腔黏膜病，其病因都不是很清楚。以口腔扁平苔藓和慢性盘状红斑狼疮为例，其确切病因尚未明了，但其发病机制当中多存在免疫功能的紊乱和异常。
三、部分口腔黏膜病是全身疾病在口腔黏膜的表现，其病因是由全身性疾病的病因而致，例如贫血性口炎，就是由于贫血导致的口腔黏膜病变。
