肛门脓肿和肛瘘的区别在于病因及临床表现不同，但二者之间有一定的因果联系，肛门脓肿破溃或者切开引流以后，部分可能形成肛瘘。

1、肛门脓肿属于急性化脓性感染，是因肛腺感染所致，可引起肛隐窝炎，随着炎症扩散，感染可蔓延至肛门直肠周围的间隙，从而在肛门周围形成脓肿。

2、肛瘘是肛管直肠和外面皮肤相通形成的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。肛瘘外口会持续或间断流出分泌物，有时可出现假性愈合。