肛门脓肿一定要及时治疗，常用方法包括药物治疗、温水坐浴、局部理疗及手术治疗等。
1、肛门脓肿早期可以进行对症治疗，应用特效的治疗药物，及时控制病情，避免病情继续发展而形成肛瘘。肛门脓肿属于急性的化脓性感染，由细菌感染引起，可应用抗生素类药物，通过口服或静脉给药方式，将炎症消退，脓肿也可达到临床治愈。
2、可应用1∶5000的高锰酸钾进行温水坐浴，以促进血液循环，同时高锰酸钾溶液具有局部消毒的作用，对肛门脓肿的治疗有一定好处。
3、口服缓泻剂或进行局部理疗，以保持大便的通畅。
4、如果肛门脓肿已经成熟，可触及波动感，需进行切开引流。将脓液排出之后，在腔内进行油纱填塞，待2~3天后，将油纱取出，再进行换药，后期也可配合坐浴，直至肛周脓肿逐渐好转。