肛门脓肿通常不能自愈。
肛门脓肿是肛门直肠周围软组织发生的急性化脓性感染，由细菌感染所致，通过自身抵抗力无法将其清除，若不治疗脓肿会逐渐增大，甚至形成脓包。有些抵抗力较差的人群，随着病情加重，还可能形成脓毒血症，甚至发展为坏死性筋膜炎，而坏死性筋膜炎的死亡率较高。部分患者术后还可能形成肛瘘。
所以，本病一经发现应及时就医诊治。医生可根据病史、临床表现（如发热、肛门剧烈疼痛等），以及血液检查（可见白细胞升高）、B超或磁共振等检查结果进行诊断。早期尽量争取保守治疗，常用方法包括有效抗生素治疗、坐浴、通便治疗等。若形成脓包，则需进行切开引流才能愈合。
