大多数胆汁反流性胃炎患者可出现上腹持续性烧灼痛，餐后疼痛加重，少数患者可表现为胸骨后烧灼痛。
常用的治疗药物如下：
1，保护胃黏膜药物：主要有胶体果胶铋、硫糖铝、铝碳酸镁等。胶体果胶铋在酸性介质中具有较强的胶体特性，可在胃黏膜上形成一层牢固的保护膜，增强胃黏膜的屏障保护作用。主要用于胃及十二指肠溃疡。硫糖铝也是一种胃黏膜保护剂，具有吸附胃蛋白酶、中和胃酸、胆汁酸的作用，且有利于黏膜再生。用于治疗胃、十二指肠溃疡及胃炎。铝碳酸镁为抗酸药，与胃酸作用迅速而持久，同时，可吸附胃蛋白酶和胆酸，对胃起到保护作用。用于胃、十二指肠溃疡，急慢性胃炎，尤其是胆汁反流性胃炎。
2，质子泵抑制剂：属于降低胃酸药。常见的药物有奥美拉唑和兰索拉唑。奥美拉唑是第一个进入临床使用且迄今使用最为广泛的质子泵抑制剂，对组胺、五肽胃泌素及刺激迷走神经引起的胃酸分泌有明显的抑制作用，对H2受体拮抗剂不能抑制的由二丁基环腺苷酸引起的胃酸分泌也有强而持久的抑制作用。由于本药与质子泵作用具有不可逆性，故抑酸时间长，可维持24小时。适用于胃溃疡、十二指肠溃疡、应激性溃疡、反流性食管炎和卓-艾综合征（胃泌素瘤）等疾病。兰索拉唑作用机制同奥美拉唑，同时对胃肠黏膜有保护作用。主要用于治疗十二指肠溃疡、反流性食管炎、卓-艾综合征。
3，考来烯胺：考来烯胺可与胃中胆盐结合，并加速其排空。
4，胃肠动力药：常见的胃肠动力药分为两种，分别是多巴胺受体阻断药和拟胆碱药。多巴胺受体阻断药能够促进肠胃蠕动，但有椎体外系的不良反应，如多潘立酮。拟胆碱药可以加强胃排空，增加小肠、大肠的蠕动，但是可能出现口干、倦怠等不良反应，其代表药物有西沙必利、莫沙必利等。
凡胃镜检查胃内有胆汁和碱性分泌物，具有弥漫性胃炎的组织学证据，症状持续而影响生活质量，内科治疗又无效时，可考虑手术治疗，手术方法很多，应根据具体情况选用。