百日咳和过敏性咳嗽的区别，主要表现在病因不同、症状不同、治疗不同、预后不同等方面。
1、病因不同：百日咳是由百日咳杆菌引起的，具有传染性；过敏性咳嗽是由于接触环境中的花粉、灰尘、尘螨、动物皮屑、刺激性气体等变应原而引发的，具有个体差异。
2、症状不同：百日咳患者平均潜伏期7~10天，典型症状为阵发性、痉挛性咳嗽，并在痉咳末期，由于吸入大量空气通过痉挛、狭窄的声门可发出高音调似鸡鸣样的吸气声；过敏性咳嗽患者常在接触变应原刺激后立即出现咳嗽的症状，典型表现为阵发性、刺激性的干咳，是过敏性哮喘的一种特殊表现。
3、治疗不同：百日咳需按呼吸道传染病隔离，早期应用红霉素、阿奇霉素或克拉霉素等大环内酯类抗生素治疗；过敏性咳嗽需避免接触变应原，根据病情予以氯雷他定等抗组胺药物、布地奈德等吸入性抗过敏药物以及可待因等镇咳药物，无明确感染指征时不使用抗菌药物。
4、预后不同：百日咳一般为急性发作、病程较长、恢复较慢，一般经抗生素药物治疗后多可治愈，但如果合并有脑、肺等脏器并发症时预后较差；过敏性咳嗽很难达到真正意义上的治愈，其治疗周期很长，而且虽然经治疗缓解，以后再次接触过敏原仍可发作。