肠道菌群失调是指肠道内各菌种的平衡状态被打破，常可引起腹泻、腹痛、腹胀等一系列的临床症状。
治疗的常用药物包括：
1，微生态制剂：可调节肠道菌群，改善肠道环境，增强肠道的物理屏障和免疫功能，减少细菌移位和炎症反应，通常包括益生菌、益生元、合生素三种类型。益生菌可帮助建立有利于宿主的肠道微生物体系，常用药物包括双歧杆菌三联活菌制剂、乳酸菌素片、地衣芽孢杆菌活菌制剂等；益生元可选择性促进宿主肠道内益生菌生长，常用的包括乳果糖、异麦芽低聚糖等；合生素是指益生菌和益生元结合的生物制剂，可以同时发挥二者的作用。
2，止泻剂：常用药物包括盐酸洛哌丁胺、复方地芬诺酯等。多用于腹泻患者，常需在医生指导下正确用药，尤其是孕产妇、哺乳期妇女、幼儿及存在其它基础疾病者，切勿随意用药，同时还要认真阅读说明书，以排除用药禁忌。用药前后和用药时还应注意个人病情检测，以及时发现不良反应、中毒反应等。
3，抗生素类药物：该类药物常用于细菌感染造成的肠道菌群失调，药物包括头孢曲松、甲硝唑、四环素、利福昔明等。必要时还可根据便常规检查、细菌培养及药敏试验结果，选择合适的药物进行治疗。
4，黏膜保护剂：该类药物服用后可均匀地覆盖在整个肠腔表面，它不仅对消化道黏膜有保护作用，而且可以黏附固定和抑制病毒、致病菌及其产生的毒素，并是之随肠蠕动排出体外。常用药物如蒙脱石散等，但注意此药可能会发生轻微便秘，且服用时可能影响其他药物的吸收，因此在最好在服用本药前1小时服用其他药物为宜。
5，促动力药：对于存在小肠动力障碍或腹胀严重者，可适当使用此类药物促进胃肠蠕动，缓解腹胀等症状。药物有西沙必利、莫沙必利、伊托必利等。
6，解痉镇痛药：腹痛较重者，可在医生指导下酌情使用颠茄片、阿托品、山莨菪碱等药物来缓解痉挛、减轻疼痛。
肠道菌群与人体健康的关系十分密切，保护肠道菌群的平衡十分重要。平常养成良好的饮食习惯，如注意饮食卫生，不暴饮暴食，戒烟限酒，合理膳食，保证营养的全面均衡，同时积极治疗肠道功能性疾病；肠道手术后，应及时补充益生菌，并在医生指导下适当应用改善肠道动力的药物；同时避免滥用抗生素及糖皮质激素类药物等，均有助于预防肠道菌群失调的发生。
