肠胃炎患者只有选择最适合自身病情和病因的药物，才能达到较好的治疗效果。
1、抗生素：对于病情严重、有并发症、免疫力低下的细菌感染性胃肠炎患者，需要根据细菌药物敏感试验结果选用合适的抗生素治疗，一般可选用环丙沙星、左氧氟沙星等。
2、止吐药：对于呕吐症状比较严重的患者，可酌情使用氯丙嗪等止吐药物。
3、止泻药：腹泻为胃肠炎的常见症状，患者一般禁食后可显著改善。但对于腹泻症状比较严重者，可使用洛哌丁胺等止泻药。
4、解痉镇痛药：对于腹痛明显的患者，可使用阿托品、山莨菪碱等药物来缓解症状。
5、抑酸药：对于胃酸分泌过多的肠胃炎患者，PPI（质子泵抑制剂）和H2受体拮抗剂类药物可抑制胃酸分泌，减少胃酸对胃黏膜的刺激，常用的药物有奥美拉唑、法莫替丁等。
6、微生态制剂：对于存在肠道菌群失调的患者，可使用微生态制剂调节胃肠道菌群，常用的药物如双歧杆菌等。