支原体和衣原体是两种不同的致病微生物，但这两种病原体都具有一定传染性，可通过性接触传播，故患者应注意隔离治疗。
常用的治疗药物包括：
1，大环内酯类药物：如罗红霉素、阿奇霉素等。此类药物不仅成人可以应用，儿童也可以使用，但是在应用期间要注意其不良反应，常见的不良反应包括消化不良、头痛、嗜睡、恶心等。
2，喹诺酮类药物：如左氧氟沙星、莫西沙星等。此类药物可用于支原体、衣原体引起的泌尿系统感染。但需要注意，此类药物不适用于18岁以下的儿童及青少年，常见的不良反应包括腹泻、恶心、头晕头痛等。
3，四环素类药物：肺炎支原体感染时可用四环素类药物进行治疗，如多西环素、米诺环素等药物。需要注意的是，不建议患者在牙齿生长发育期，包括怀孕后期、婴儿期以及8岁前儿童等使用四环素类药物，否则可能会造成永久性牙齿变色（黄－灰－褐）。
如果患者检查出有支原体、衣原体的感染，一定要遵医嘱用药，不建议患者自己乱用药物，以免加重病情。需要注意的是，对于支原体、衣原体感染引起的尿道炎患者，在自己接受治疗的同时，其性伴侣也应同时接受治疗，这主要是因为支原体、衣原体感染可通过性接触传播，且许多女性患者在感染支原体、衣原体后，并没有明显的症状，在性交后很有可能将这些致病微生物再次感染给患者，临床上为了预防这种反复感染的情况，所以通常需要性伴侣和患者一起治疗。在治疗期间，患者还要注意个人卫生，勤换内衣内裤，清洗完内裤后最好放在阳光下暴晒；饮食尽量清淡、富有营养，多吃新鲜的水果蔬菜，以补充足量的维生素，最好少吃辛辣、油腻等刺激性的食物等。