阴道B超检查时，医生会对探头进行消毒，套上一次性橡胶套，然后将探头放入阴道内，置于阴道后穹窿、前穹隆或宫颈两侧进行探查。检查时可能会摆动探头调整角度，或者稍向深部挤压、向外稍退，以获得满意图像。有时由于阴道内的操作，可能引起不适症状，但检查后不适症状常可自行缓解、消失。

此外，患者检查前需注意排空膀胱，并取膀胱截石位躺于检查床上。但无性生活史者，应谨慎选择此检查，必要时可适当改用经直肠超声等方法进行检查。