克氏综合征属于先天性疾病，目前尚无有效预防的手段。
克氏综合征是由于染色体异常而导致的，其没有特殊针对性的人群。克氏综合征患者父母的染色体很可能是正常的，只是在精卵结合过程中，由于细胞分裂障碍，导致性染色体不分离，出现XY或XX配子，它们与正常的X或Y配子结合，形成非整倍体胚胎，从而引起克氏综合征。
影响精卵结合的因素可能是遗传因素，也可能是精卵结合的环境，比如内分泌激素异常，精卵结合过程中女性存在发热、感染等问题，某些酶类影响精卵结合等。其具体原因目前尚未完全明确，所以，克氏综合征的预防存在一定困难。
随着现代辅助生殖技术的广泛普及，患者可以在试管婴儿形成胚胎的早期或者着床前，进行染色体筛查，能够在一定程度上排除克氏综合征。但是，由于筛查技术的费用和代价比较大，而克氏综合征的发病率非常低，因此，对于克氏综合征的筛查尚未大规模开展。
