慢性结肠炎的典型症状是排便异常、腹痛，严重者可出现系列胃肠道外表现，症状有时轻有时重，病程一般比较长，可以达到三周以上甚至于更长时间。
1、排便异常。患者大便次数增多，每天排便3到4次甚至更多，大便不成型、粪质稀薄，有时腹泻与便秘交替发生，累及直肠时可以表现出明显的里急后重，部分患者还会出现大便失禁的症状，大便通常呈糊状，或者混有大量黏液或白色脓冻、脓血。
2、腹痛。患者多有轻至中度腹痛，为左下腹或下腹隐痛，也可能会累及全腹，便后腹痛即可缓解。症状较轻者可能无腹痛或仅有腹部不适，症状较重者可能会并发中毒性巨结肠或炎症波及腹膜，从而出现持续性剧烈腹痛。
3、胃肠道外表现。慢性结肠炎可能会伴有某些较少见的胃肠道外症状，如关节炎、虹膜睫状体炎、肝功能障碍、口腔溃疡、皮肤病变等，长期反复发作的慢性结肠炎患者还会表现出体重减轻、贫血貌、头晕、神疲乏力、活动汗出等症状。