直肠炎可由多种病因引起，其主要病因包括异物损伤、长期炎症刺激、性病、免疫功能异常、肛肠疾病、血吸虫感染及放射性照射。
1、异物损伤。未消化的骨头、鱼刺或木片等锐利异物，刺伤直肠黏膜，导致细菌感染而发生直肠炎。
2、长期炎症刺激。慢性细菌性痢疾、阿米巴痢疾、慢性非特异性溃疡性结肠炎等，都可能会累及直肠，从而引起直肠炎。
3、性病所致。不洁性交、肛交等，或者尖锐湿疣、乳头状纤维瘤患者，由于直肠受到长期的摩擦刺激，也可以引起直肠炎。
4、免疫功能异常。人体免疫功能调节异常会导致机体免疫力下降，从而增加发生直肠炎的风险。
5、肛肠疾病。痔疮、肛瘘、肛裂、化脓性汗腺炎等，若没有得到及时有效的治疗，长期刺激肛门皮肤，可能会累及直肠下段，从而引发直肠炎。
6、血吸虫感染。血吸虫卵会长期沉积在直肠部位，刺激直肠黏膜，导致直肠黏膜坏死、脱落，从而引起直肠炎。
7、放射性照射。前列腺癌、宫颈癌患者进行放射治疗，可能会引起直肠放射性损伤，从而导致直肠炎的发生。