肝素为抗凝血药，外用治疗早期冻疮、皲裂等；口服和注射用于防治血栓形成或栓塞性疾病。外用副作用较少，口服和注射剂的副作用主要是出血风险增加。
1、过敏反应：少数患者可发生发热、皮疹、瘙痒等皮肤过敏反应，严重者出现哮喘、心前区紧迫感及呼吸短促。一旦出现过敏，要立即停药就医。
2、过量反应：早期过量的表现有黏膜和伤口出血，刷牙时齿龈渗血，皮肤瘀斑或紫癜，鼻出血，月经量过多等。严重时有内出血征象，表现为腹痛、腹胀、背痛、麻痹性肠梗阻、咯血、血尿、血便，严重者甚至出现心脏停搏，需警惕。
3、血小板减少：有两种类型，一种为轻型，通常可自行恢复，日常也没什么表现。另一种为重型，一般发生于用药后2-8日，表现为肢体的凉、麻、疼以及运动困难，同时伴有皮肤颜色的苍白，一旦出现这些现象，要立即停药就医。
4、其他的不良反应：长期使用还可能引起短暂的脱发、腹泻症状，甚至会有骨质疏松和自发性骨折，有时可导致血栓形成（可能是抗凝血酶耗竭的结果）。
外用乳膏的不良反应一般很少见，可能会有皮肤刺激如烧灼感，或过敏反应如皮疹、瘙痒等。
1、肝素钠乳膏为非处方药，可以自己到药店购买使用。肝素钠口服含片、肝素注射剂都属于处方药，必须在医生指导下使用，你需要向医生详细描述你的过敏史、症状、疾病史、以及近期服用过的药物等，在医生指导下排除用药禁忌。
2、孕期接受肝素治疗有增加出血的危险，尤其是在分娩时，须慎用。60岁以上老年人，尤其是老年女性对肝素较为敏感，用药期间更容易出血，应减少用量，加强用药期间的监测。
3、肝素会干扰一些医学检查，建议在需要进行任何检查之前，请告知医生你在使用肝素，避免诊断错误。
4、服药期间出现服药过量或其他身体异常，如月经量过多、鼻出血等要及时停药就医。