1、牙齿和骨骼损害：四环素可以沉积在牙齿、骨骼和指甲中，导致牙齿不同程度变黄、牙釉质发育不良和龋齿，还能导致骨发育不良。
2、胃肠道损害：四环素易引起恶心、呕吐、上腹不适、腹胀、腹泻等胃肠道症状。
3、菌群失调：部分患者会出现正常菌群减少，导致维生素缺乏、真菌繁殖，出现口干、咽痛、口角炎、舌炎、舌苔色暗或变色等。
4、肝脏损害：通常会出现脂肪肝。孕妇、大剂量用药或肾功能损害患者更容易发生，其他患者也有可能出现。四环素还能导致胰腺炎，需警惕。
5、肾脏损害：四环素可能引起肾功能损害患者的氮质血症加重。
6、中枢神经系统：有时会导致良性颅内压增高，也叫做假性脑瘤，表现为头痛、呕吐、视物模糊、视神经乳头水肿等。
7、血液系统：可能引起血小板减少症。在高剂量静脉用药时有损伤凝血功能的报道，导致出血后不容易止血。少数患者还会出现溶血性贫血。
8、静脉注射：注射部位可能产生疼痛等刺激症状，严重的会发生血栓性静脉炎。
9、二重感染：长期应用四环素，可能导致消化道、呼吸道和尿路感染，甚至引起败血症，请务必引起重视。
10、过敏反应：服药期间患者可能出现药物热，也就是药物引起的发热症状；或出现皮疹，表现为荨麻疹、多形性红斑、湿疹样红斑等；也能导致光敏感性皮炎；极少数情况下还会诱发过敏性休克。一旦出现上述过敏症状，应立即停药就医。
11、其他的不良反应：使用失效或降解的四环素会引起范科尼综合征，即肾小管性酸中毒，表现为多尿、恶心、烦渴、糖尿、氨基酸尿、高磷酸盐尿、低钾血症、高尿酸血症、酸中毒、蛋白尿。