受精卵质量或子宫内膜的发育问题，均可导致着床失败，最终引起生化妊娠。
1、生化妊娠最重要的原因是受精卵的质量问题。血清学检查显示人绒毛膜促性腺激素升高，可察觉到妊娠的存在，提示受精卵已经形成。正常情况下，受精卵在输卵管的壶腹部形成，从输卵管的壶腹部回到子宫腔里面，找到合适的位置着床，中间需要1个星期左右的时间。如果在这个过程中，受精卵萎缩、消失，未进行后续的着床，可能引起生化妊娠。
2、生化妊娠也可能与子宫内膜的环境有关。子宫内膜是正常受孕的关键部位，内膜厚度、形态及其容受性均可影响受精卵的着床，并增加发病风险。
