1、胃肠道反应：患者有时会出现胃肠道不适，如上腹痛、腹泻、便秘腹胀、恶心、呕吐、口干等症状。
2、神经和精神系统反应：偶尔引起头痛，个别人服药后出现头晕或视力障碍，表现为视物模糊等。极少数人还会出现抑郁的症状，在治疗结束后相关症状逐渐消失。
3、肾和泌尿系统反应：罕见急性间质性肾炎，如果服药期间出现皮疹、发热、外周血嗜酸性白细胞计数增多、关节痛、淋巴结肿大等，应立即停止使用泮托拉唑钠肠溶胶囊，并到医院检査肌酐、尿素氮等反映肾功能的指标，接受相关治疗。
4、皮肤及皮下组织反应：少数患者会出现过敏性反应，如瘙痒、皮疹、荨麻疹、血管神经性水肿等。罕见严重的皮肤反应，如Stevens-Johnson综合征（主要表现为红斑）、中毒性表皮坏死松解症（表现为高热、水疱、血痂等）等。如果您用药后出现发烧、喉咙痛、面部或舌头肿胀、身上起泡和脱皮等症状，请立即停止用药并就医。
5、肝胆系统反应：个别人出现血清转氨酶升高，甚至出现导致黄疸的严重肝细胞损害，并伴随肝衰竭，需警惕。
6、其他不良反应：可有肌肉疼痛、发热、四肢水肿，一般都在治疗结束后消失。