窝沟封闭的操作包括清洁窝沟和和封闭窝沟两个步骤。医生一般会用特殊的器械，先将牙齿咬合面的窝沟清洁干净。牙齿的窝沟就像磨盘上面的沟和窝，主要起到将食物磨碎的作用。将牙齿清洁干净以后，医生会再用一种特殊的封闭剂，比如树脂或玻璃离子，将窝沟封闭上，从而起到预防龋齿的作用。

从治疗原理和操作过程来讲，窝沟封闭是一个无创的预防龋齿的措施，主要针对健康牙齿，特别适合适龄儿童。但是当牙齿得了龋齿以后，就不能再进行窝沟封闭，只能进行充填治疗。