经期同房有可能引起生殖系统的感染，进而导致不孕。
月经期，女性体内雌激素和孕激素水平会降到最低值，子宫内膜缺乏激素支撑，会发生坏死、脱落，进而形成月经。在这个过程中，子宫内膜会形成一些小创面，病原体可通过这些小创面感染机体。同时，经期宫颈口呈微张状态，缺乏粘液栓的屏障和保护，外界病原体更容易进入宫腔内。这些因素都决定了经期女性处于易感状态。
如果在经期同房，女性发生子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔结缔组织炎等盆腔炎症性疾病的概率会增加。一旦发生盆腔炎，如果治疗不当或治疗不彻底，疾病可转为慢性病程而反复发作，并对生殖器官的组织结构造成破坏，从而干扰怀孕过程。例如，盆腔炎可导致输卵管粘连阻塞，使精子和卵子不能在输卵管相遇和发生受精，从而引起不孕。