畸形精子症会影响男性生育力。
在对不孕不育夫妇中的男性进行实验室评估的时候，精液分析是关键。标准的精液分析包括测定精液的体积和pH值，并通过显微镜检查精子的浓度、计数、活力、形态、碎片、凝集、白细胞计数和未成熟的生殖细胞计数。
如果正常形态的精子比例小于40%，则被诊断为畸形精子症。这种情况可能会造成男性生育力低下，而部分严重的畸形精子症患者，还需要通过辅助生殖技术来解决生育问题。但是，这并不意味着所有畸形精子症患者都没有生育能力。
世卫组织发布的《人类精子检查与处理实验室手册》中，规范了精液检测的方法，也发布了精液分析的参考值下限。其中，对于精子形态参数的描述为：使用严格的分类方法，正常精子形态的参考值下限为4%，即在一份正常的精液标本中，大部分精子可以是畸形的，只有少部分精子形态是正常的，也可以进行生育。