阴茎变黑的原因包括生理性和病理性两种情况：
1、生理性。在婴幼儿时期，人体各个部位的皮肤颜色差不多，没有明显的差异，都比较娇嫩。到了青春发育期，由于激素的作用，阴茎皮肤的变黑过程，使得看上去外阴由幼稚型成长成为成年型，完成了由男孩儿向男子汉的转变，属于正常的生理发育。
2、病理性。成年男性，尤其是中老年男性，如果阴茎皮肤上长黑痣，或者黑痣生长较快，应尽快看皮肤科，以鉴别是良性黑色素瘤还是恶性黑色素瘤，并进行相应的治疗。
有些人认为，生殖器颜色变黑，是过度使用，反复摩擦导致的。这是错误的观点。实际上，即使一次都没有用过，性成熟后，生殖器皮肤颜色仍然也会变黑。