男性生殖器起水疱的原因主要有以下三个方面

1、男性生殖器起水疱最常见的是生殖器疱疹，是由于单纯疱疹病毒感染引起的，主要表现为生殖器周围出现红斑、水疱或者溃疡等。

2、包皮龟头炎是由于念珠菌等其他病原体感染引起的，也会导致男性生殖器起水疱。

3、部分药物也会导致男性生殖器起水疱。