脚气主要是由皮肤癣菌感染所引起的。皮肤癣菌常寄生于人类皮肤表面的角质层，以角蛋白为食，是一种亲角质层的真菌，其可以分为毛癣菌属、小孢子菌属和表皮菌属三类。
1、毛癣菌属：与脚气关系最为密切，其以红色毛癣菌为主，占脚气致病菌的80%甚至90%以上。除了红色毛癣菌以外，毛癣菌属还包括趾间毛癣菌。顾名思义，趾间毛癣菌是存在于趾缝的毛癣菌，因此其是趾间型脚气的可能致病菌。
2、小孢子菌属：以石膏样小孢子菌为主，其在脚气致病菌中极为少见。
3、表皮菌属：以絮状表皮癣菌为主，其在脚气致病菌中所占比例非常少。
引起脚气的致病菌可在人与人之间、人与动物之间、污染物与人之间传播，患者感染脚气之前常有接触脚气患者皮损，或者在公共浴室、游泳池、健身房等公共区域中裸足行走，或者与脚气患者混穿鞋袜的经历。另外，湿热环境也是脚气的促发因素，比如足部多汗、经常着不透气的鞋子等。