怀疑灰指甲，需要做真菌镜检、真菌培养、甲组织病理检查以及PCR技术（聚合酶链反应技术）等检查。
1、真菌镜检：是最简便、最经济的检查方法。医生会刮取甲板或甲下碎屑，然后制成玻片并在显微镜下进行观察。如果发现真菌成分，则可以确诊灰指甲。
2、真菌培养：能提高真菌检测的阳性率，其对确定致病菌种类、筛选敏感抗真菌药物，均具有明显价值。
3、甲组织病理检查：对于灰指甲与其他甲病的鉴别诊断有重要意义。
4、PCR技术（聚合酶链反应技术）：是一种分子检测手段，可以快速鉴定病原体，但是操作繁琐，还有一定的假阳性和假阴性可能，一般只作为检测手段的一种补充。