首先保和丸和越鞠保和丸在组成上有所不同，保和丸由焦山楂、炒六神曲、半夏（制）、茯苓、陈皮、连翘、炒莱菔子、炒麦芽组成，越鞠保和丸的主要成分有香附、栀子、川芎、苍术、六神曲、木香、槟榔。
其次从功效应用上来说，保和丸和越鞠保和丸都可以用于治疗饮食不节、暴饮暴食导致的食积、消化不良等，但保和丸的消食导滞的作用比越鞠保和丸更强些，适用于单纯性的食积，即表现为食积停滞、脘腹胀满、嗳腐吞酸、不欲饮食等。而越鞠保和丸主要有疏肝解郁、开胃消食的功效，可以用于治疗气食郁滞证所致的脘腹胀痛、倒饱嘈杂、纳呆食少、大便不调以及消化不良。如果患者除了有食积的表现，还有肝郁的症状，适合服用越鞠保和丸。