新生儿脑积水是严重的。

大多数脑积水呈进展性，未治疗的脑积水患儿生存率比较低，约50%可能会在3岁前死亡，约80%会在成年以前死亡。非肿瘤性脑积水的患儿经过治疗后，可以显著改善预后，提高生存率。如果脑积水没有得到有效而持续的治疗，神经功能就会恶化。如果形成脑脊液吸收的其他路径，或者重新建立正常的脑脊液循环机制，脑积水一般不会有所进展，但一般比较少见。这种情况被称为“静止性脑积水”，可以不进行分流术。

急性快速进展性脑积水的患者需要紧急进行手术干预。急性重度脑积水时，可能会由于严重的颅压升高而诱发脑疝，导致呼吸、心跳骤停等危急情况。慢性持续性脑积水虽然不常出现危及生命的突发事件，但会因脑实质被长期压迫而合并严重的神经系统并发症，如癫痫、脑瘫、发育落后等。

脑积水的新生儿需要及时请神经外科进行会诊，如果伴有癫痫发作，还需要请神经内科会诊，协助诊治。患儿的功能结局取决于多种因素，如早产、中枢神经系统发育畸形等，一般越早发生早产，脑积水出现神经后遗症的几率就越高。