虽然鼓膜修补术一般不属于大型手术，但其仍有一定的风险，可能引起麻醉意外、中耳感染、耳鸣、继发性胆脂瘤、继发性穿孔等并发症。
1、麻醉意外：由于鼓膜修补术需要在局麻或全麻下进行，所以患者可能发生麻醉意外，严重时，患者可能发生呼吸心跳骤停、脑梗死等情况。
2、中耳感染：多因中耳内有潜在的感染源未彻底清除，或术后合并上呼吸道感染所致，可能导致患者在术后短期内发生耳流脓，并进一步使移植组织脱落，从而导致手术失败。
3、耳鸣：多因术中触碰或损伤听骨链所致。
4、继发性胆脂瘤：多因手术中未彻底分离残余鼓膜上皮，使部分鼓膜上皮遗留于鼓膜与移植物之间或鼓室内所致。
5、继发性穿孔：指的是鼓膜穿孔已愈合，新鼓膜出现的穿孔。此种情况多因中耳再度发生急性炎症，或慢性鼻窦炎等上呼吸道慢性疾病未得到适当治疗所致。
