不同类型的胆脂瘤，其发病原因也不同。
一、如果是外耳道胆脂瘤，则可能是外耳道皮肤受到损伤或者发生炎症后，使基底细胞脱落并发生堆积所导致的。
二、如果是颅内胆脂瘤，则可能是在神经根闭合期间，外胚层细胞的移行出现异常所导致的。一般情况下，如果在胚胎发育的第3~4周左右，原始的上皮细胞包埋于神经管内，则通常会形成颅内胆脂瘤。
三、如果是中耳胆脂瘤，则有以下几种情况:
- 1、如果是先天性胆脂瘤，则可能是胚胎期的外胚层组织遗留于颅骨中所导致的。此种胆脂瘤可能在出生时便存在，但通常在婴儿期或者儿童早期才被诊断出来。
- 2、如果是后天原发性胆脂瘤，根据内陷囊袋学说，此种胆脂瘤可能是咽鼓管发生阻塞后，使部分鼓膜向内凹陷，并逐渐形成囊袋所导致的；根据基底细胞层过度增生学说，此种胆脂瘤可能是鼓膜松弛部的上皮增殖形成上皮小柱后，破坏基底膜，并伸入上皮下组织所导致的。
- 3、如果是后天继发性胆脂瘤，一般继发于慢性中耳炎，也可能是外耳道胆脂瘤侵入中耳所导致的。另外，根据鳞状上皮化生学说，此种胆脂瘤可能是中耳的上皮组织被炎症刺激后，化生成角化鳞状上皮所导致的。