藿香正气胶囊和藿香正气软胶囊在成分上稍有差异，藿香正气胶囊主要成分为广藿香、紫苏叶、白芷、白术（炒）、陈皮、法半夏、厚朴（姜制）、茯苓、桔梗、甘草、大腹皮、大枣、生姜。藿香正气软胶囊含有苍术、陈皮、厚朴（姜制）、白芷、茯苓、大腹皮、生半夏、甘草浸膏、广藿香油、紫苏叶油。各成分含量也有一定的差异。
在功效应用上，两者差别不大。藿香正气胶囊和藿香正气软胶囊都有解表化湿、理气和中的功效，都可以用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿引起的头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等。而藿香正气软胶囊还可治疗西医上的胃肠型感冒。
由于藿香正气软胶囊里面是液体成分，进入胃部后更容易被身体吸收，因此藿香正气软胶囊的起效时间相对藿香正气胶囊来说更快一些。但藿香正气软胶囊的生产工艺更复杂、耗材更多更贵，因此藿香正气软胶囊卖得相对来说也更贵一些。
总体来说，两者的区别不大。患者可根据身体状态、经济情况等因素，选择适合自己的药品购买服用。若用药3天症状不见好转，应及时停药就医。
