皮样囊肿和表皮样囊肿主要在病因、发病时间、组织结构等方面存在区别。
表皮样囊肿，实际上只是真皮内的囊肿性损害，一般与遗传和先天发育无关。其发病比较晚，好发于青年、儿童，可以发生于皮肤的任何部位。其中，一部分表皮样囊肿的发生与外伤有关，由于外伤，造成皮肤结构内卷，形成真皮内的囊肿性损害。表皮样囊肿囊内含有角质，囊壁无毛囊、皮肤附属器结构。
皮样囊肿是先天性的，一般在出生时或者婴幼儿时期发生，从组织结构来看，其囊壁会有皮肤附属器结构，并且存在瘘管，既可以与皮肤表面相连，也可以与深部组织相连，甚至是有一部分皮样囊肿与中枢神经系统是相连的。