肾盏憩室的病因尚未完全明确，目前认为主要与先天发育异常有关。肾盏憩室是肾脏实质内存在的异常小囊腔，囊腔内有一细长管道，与肾盂或肾盏相通，形成了憩室状的结构。如果在胚胎发育过程中出现异常，使肾盏和集合系统间的通路过细，就可能引起肾盏憩室。

除先天因素外，梗阻、结石继发感染等因素，也可能与肾盏憩室的发生有关，但目前尚未明确，无法给出确切的病因。