肠穿孔手术的成功率受多方面因素影响，不能一概而论。
1、如果及时发现，则无论是小肠穿孔、结肠穿孔或直肠穿孔，其手术成功率都是很高的。手术成功率最高的是十二指肠溃疡穿孔，一般情况下可以达到90%以上；小肠穿孔如果及时发现，做肠段的切除再吻合手术，其成功率也非常高。
2、如果没有及时发现，部分结肠、直肠穿孔手术的成功率则偏低。因为越远端的结直肠，其肠内容物富含的细菌越多，其发生感染的几率越大，甚至可能对机体产生更严重的后果。
所以，肠穿孔手术的成功率取决于穿孔部位、穿孔发生后到治疗前的持续时间、手术是否及时和可靠等多方面因素。总的原则是，肠穿孔治疗关键在于及时发现和诊断，并早期进行手术治疗，即针对病因及时做穿孔的修补或切除再吻合手术，并通过术后的支持治疗、对症治疗、营养治疗以及应用抗生素进行抗感染治疗，以进一步提高手术的成功率。