鳃裂瘘管的手术治疗，实际上就是通过外科手术，来尽可能的将鳃裂瘘管完整切除。但是，在手术前，医生会先为患者进行造影检查，以显示鳃裂瘘管的长度、深度、走行，以及与周围组织的关系，从而为手术提供良好的指导。在手术的过程中，医生会先向鳃裂瘘管内注射染色剂（一般为蓝色），以明显区分瘘管与正常的组织，并有助于明确瘘管的位置，以及走行的深度。随后，医生会将鳃裂瘘管完整切除，从而使鳃裂瘘管的复发率降到最低。