绝大多数情况下，肥大细胞增多症是由于肥大细胞出现了一种基因（KIT基因）功能获得性突变，引起肥大细胞大量增殖所导致的。
肥大细胞的增殖、活化，很大程度上受控于KIT基因的调控。当KIT基因由于各种原因发生了基因突变，导致基因功能被激活的时候，肥大细胞就会出现快速地大量的增殖和聚集，从而产生一系列的症状。
KIT基因突变可以由遗传导致，即由肥大细胞增多症患者将基因遗传给下一代；也可以由药物、感染、搔抓破溃、虫咬等外界因素，以及一些不明原因的后天因素，把肥大细胞诱发出体细胞的KIT基因突变，从而在局限或者多个部位产生肥大细胞增多和聚集的表现。
