当胎儿在宫内或者分娩过程中发生窒息，出现急性或者慢性低氧血症时，机体血流重新分布，血流主要分布于脑、心脏、肾上腺等主要器官，肠道和皮肤的血流量减少，使肠壁缺血出现痉挛，导致肛门括约肌松弛，使大量胎粪排出，低氧血症刺激胎儿呼吸中枢，诱发胎儿喘息样呼吸，吸入含胎粪的羊水。
如果不存在明显的宫内窘迫，即使羊水被胎粪污染，正常的宫内呼吸活动并不会导致胎粪吸入。即使存在胎粪吸入，大部分胎粪都位于上气道或者主气管。神经系统成熟的足月儿或者过期产儿，脐带挤压可以短暂刺激副交感神经，排出胎粪。如果此时合并明显的宫内缺氧，胎儿就会出现宫内窘迫，胎粪可被吸入小气道或者肺泡，造成气道物理性梗阻。且吸入的胎粪还可刺激小气道引起化学性炎症，抑制肺泡表面活性物质的活性，就会出现以呼吸困难为主要症状的胎粪吸入综合征。
